日南的历史可追溯至平安时代，当时这里是藤原氏的庄园。镰仓时代到战国时期，工藤祐经的后裔——伊东氏与岛津氏为了争夺飫肥城展开了激烈争斗。1587年，伊东氏因协助丰臣秀吉完成九州平定而被赋予对该地的统治权。进入江户时代后，当地重视教育，设立了藩校“振德堂”，并在明治时期培养出了如外交官小村寿太郎等重要人物。